随着杂质在填料层中的不断聚积，压头损失（即压差）将不断增大。当压差达到一定的设定限度或过滤时间达到设定值时，系统将自动转换至反洗状态，以清洗填料层并清除聚积起来的杂质。当系统进入反洗状态时，通过PLC 控制改变进出水阀门通断位置（进水口关闭，排污口打开，反洗进水口打开，反洗排污口关闭）。当序列组合时，其他过滤罐中经过过滤的水部分流入要反洗的过滤罐中。由于系统压力，被反洗的过滤单元的填料层在水流的冲击下被冲起，杂质则通过排污口被排出。

罐体内部，特殊设计的集水器使填料层在反洗状态时形成内环流，填料之间互相搓洗，最大限度地提高反洗效率，减少所需的反洗水，同时反洗时不跑料。当反洗结束时，阀门又恢复到过滤状态，而下一个过滤单元则进入反洗状态。当序列组合时，一个系统由多个过滤罐（单元）组成，它们依次反洗， 以保证反洗时不断流。